공동육아는 여러 면에서 기존 유아교육 기관과 차별성을 보인다. 하나. 운영면에서 가장 두드러진 점으로, 공동육아 어린이집은 영리를 추구하지 않는다. 부모들이 조합원으로서 출자하고 운영까지 담당하므로 모든 지출은 아이들을 위해 이루어진다. 둘. 공동육아는 지식 주입보다 정서적 안정에 더 큰 비중을 둔다. 그래서 아이들이 맘껏 뛰놀 수 있는 환경을 제공하려 노력한다. 상가 건물 등에 입주하는 기존 육아시설과 달리 공동육아 어린이집은 자연환경이 쾌적한 곳, 마당이 있는 건물에 터전을 마련하여 텃밭 가꾸기, 동물 키우기 등이 가능토록 한다.

셋. 공동육아는 교사나 교재 중심으로 아이들을 일방적으로 이끌어가지 않는다. 그보다는 교사와 아이들이 모든 것을 함께 만들어 가는 방식을 취하고자 한다. 그 만큼 교사의 역할은 더욱 어렵고 또 중요하다고 볼 수 있다. 공동육아에서는 아이들과 교사의 거리를 좁히고, 눈높이를 맞추기 위해서 교사를 선생님이란 호칭 대신 별명으로 부르고, 존대말을 강요하지도 않는다. 이말순 선생님(꿈꾸는 어린이집, 산어린이집 원장)은 "선생 노릇을 제대로 하기 위해서 선생님이라는 호칭과 권위을 버리는 것"이라고 설명한다. 넷. 공동육아 어린이집은 2개월부터 10세까지의 연령 아이들을 대상으로 하여, 종일반으로 운영된다. 연령상으로 보면 놀이방, 유아원, 유치원과 초등학교 저학년까지 포괄하는 셈이다.(하지만 실제로는 12개월 미만은 많지 않다.) 다섯. 공동육아에서 부모의 역할은 지대하다. 부모는 조합원이 되어 어린이집을 운영하는 일 이외에도 청소, 일일교사, 식단, 교육내용 제안에 이르기까지 어린이집에 관련된 일 전반에 관여한다. 부모의 역할이 이렇다보니 어린이집의 유아들은 물론 부모들간에도 강한 유대가 형성되어, '육아를 매개로 한 공동체'의 수준으로 발전할 수 있는 토대가 마련된다